Unimma telah memiliki dokumen formal tentang tata pamong dan tata kelola untuk mewujudkan pencirian sebagai perguruan tinggi Islam yang sehat dan taat azaz serta untuk pemenuhan praktek pengelolaan yang kredibel, transparan, akuntabel, bertanggungjawab dan adil (Good University Governance, GUG). Pada level Universitas, struktur organisasi ditetapkan melalui SK Rektor Nomor: 0110/KEP/II.3.AU/B/2020 tentang Sistem Tata Kelola Unimma. Kemudian, struktur organisasi di FT Unimma di tetapkan melalui SK Dekan No. 55/KEP-FT/II.3.AU/B/2022. Perangkat pendukung tata pamong FT-Unimma terdiri atas:
- unsur pimpinan (Dekan dan Wakil Dekan),
- unsur pengkaji kebijakan (Senat Fakultas),
- unsur pelaksana akademik (Program Studi dan Laboratorium),
- unsur penjaminan mutu (Gugus Kendali Mutu Fakultas), dan
- unsur pelayanan administratif (Tata Usaha).
